中醫(yī)學理論體系的發(fā)展是隨著中國社會文化科學技術的發(fā)展，通過歷代醫(yī)家和人民群眾在長期與疾病斗爭的實踐中，運用相應歷史時期的先進文化科學技術成就，不斷地完善、提高而發(fā)展的。因此，中醫(yī)學理論體系的發(fā)展反映了相應歷史時期的文化科學技術水平。

在中醫(yī)學理論發(fā)展的過程中，上自晉、唐、宋、金、元，下迄明清的許多醫(yī)家，在《黃帝內(nèi)經(jīng)》《傷寒雜病論》等經(jīng)典著作的基礎上，在各自的臨床經(jīng)驗和理論研究中，均從不同角度發(fā)展了中醫(yī)學理論體系。

1．魏晉隋唐時期　晉·王叔和著《脈經(jīng)》，豐富了脈學的基本知識和理論?；矢χk的《針灸甲乙經(jīng)》是一部針灸學專著。隋·巢元方的《諸病源候論》是一部病因、病理和證候?qū)W專書。唐·孫思邈的《千金要方》《千金翼方》以及王燾的《外臺秘要》等，集唐以前醫(yī)學之大成，從理論到臨床均有新的發(fā)展。

2．宋金元時期　自宋以后，迄至明清，許多醫(yī)家在繼承了前人已有成就的基礎上，根據(jù)各自的實踐經(jīng)驗，勇于創(chuàng)新，提出自己的獨到見解，從而使中醫(yī)學術有了新的突破和發(fā)展。各種?？坪途C合性論著層出疊見。其中，金元四大家對中醫(yī)學理論的發(fā)展作出了重要的貢獻。劉完素以火熱立論，力倡“六氣皆從火化”“五志過極皆能生火”，用藥多用寒涼，火熱在表，治以辛涼甘寒，所以被稱為“寒涼派”。劉氏之火熱理論，促進了溫病學說的發(fā)展，對溫病學說的形成有深刻的影響。張從正認為病由邪生，攻邪已病，主張“邪去則正安”，用汗、吐、下三法以攻邪，所以被稱為“攻下派”。李東垣提出了“內(nèi)傷脾胃，百病由生”的內(nèi)傷學說，治療重在升補脾陽，被稱為“補土派”。朱丹溪提出“陽常有余，陰常不足”之論，治病以滋陰降火為主，因此被稱為“養(yǎng)陰派”。金元四大家各具特色，各有創(chuàng)見，均從不同角度豐富和發(fā)展了中醫(yī)學，促進了中醫(yī)學理論和臨床實踐的發(fā)展。

3．明清時期　薛立齋、孫一奎、趙獻可、張景岳、李中梓等大都重視脾腎，善于溫補。溫病學派的出現(xiàn)，標志著中醫(yī)學術發(fā)展又取得了突出成就。吳又可創(chuàng)立了傳染病病因?qū)W的“戾氣學說”的新概念，提出了治療傳染病的較完整的學術見解，著成《溫疫論》，為溫病學說的形成奠定了基礎。葉天士《溫熱論》，首創(chuàng)衛(wèi)氣營血辨證；吳鞠通《溫病條辨》，創(chuàng)三焦辨證；薛生白《濕熱病篇》，指出“濕熱之病，不獨與傷寒不同，且與溫病大異”；王孟英《溫熱經(jīng)緯》“以軒岐仲景之文為經(jīng)，葉薛諸家之辨為緯”。這些溫病學家大膽地突破了“溫病不越傷寒”的傳統(tǒng)觀念，創(chuàng)立了以衛(wèi)氣營血、三焦為核心的一套比較完整的溫病辨證論治的理論和方法，從而使溫病學在證因脈治方面形成了完整的理論體系。溫病學說和傷寒學說相輔相成，成為中醫(yī)治療外感熱病的兩大學說，在治療急性熱病方面作出了巨大的貢獻。

4．新中國成立后　中醫(yī)學理論取得了長足的進步，在研究的廣度和深度及方法上均超過了歷史任何時期。當代中醫(yī)學理論的研究，以系統(tǒng)整理、發(fā)揚提高為前提，運用傳統(tǒng)方法和現(xiàn)代科學方法，多學科、多途徑地逐步揭示了中醫(yī)學理論的奧秘，使中醫(yī)學理論出現(xiàn)了不斷深化、更新，并有所突破的態(tài)勢。

在中醫(yī)學文獻的系統(tǒng)整理與研究方面，以中醫(yī)高等院校統(tǒng)編教材《中醫(yī)學基礎》為標志，構筑了中醫(yī)基礎理論的基本體系。在中醫(yī)學理論的研究方法上，除運用文獻方法研究中醫(yī)學理論的本源，進一步揭示其學術內(nèi)涵外，利用多學科知識和方法研究中醫(yī)學理論則是當代中醫(yī)學理論研究的重要特點。如泛系理論與辨證論治、天文學與五運六氣、太極陰陽理論、運氣與氣象、控制論與治法理論、氣與場、氣與量子力學等研究成果的發(fā)表，使中醫(yī)學理論研究與當代前沿科學相溝通，具有強烈的時代特點和創(chuàng)新意識。

運用現(xiàn)代醫(yī)學及其他現(xiàn)代科學知識和方法，特別是實驗方法，使中醫(yī)基礎理論研究的方法從經(jīng)學的、經(jīng)驗的、自然哲學的方法上升為現(xiàn)代科學技術方法，如從肌電、皮膚溫度、皮膚電阻、血流圖、超聲波、激光及同位素追蹤、微觀解剖、內(nèi)分泌、神經(jīng)化學等多方面研究，證實了經(jīng)絡現(xiàn)象是客觀存在的。關于經(jīng)絡的實質(zhì)，則提出了神經(jīng)體液說、低阻抗說、皮質(zhì)內(nèi)臟相關說、第三平衡系統(tǒng)論、波導論和液晶態(tài)說等學說，這些學說尚有待進一步驗證、探索。